Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• cnveth,
• de.hu.berlin.wbi.objects,
• de.hu.berlin.wbi.process,
• de.hu.berlin.wbi.process.osiris,
• de.hu.berlin.wbi.stuff.xml,
• edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation,
• seth,
• seth.ner.wrapper,
• seth.seth.eval

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • de.hu.berlin.wbi.objects.AminoAcidHelper
  • seth.seth.eval.ApplyNER
  • seth.seth.eval.ApplyNerToVerspoor
  • seth.seth.eval.ApplyNERToWei
  • de.hu.berlin.wbi.process.osiris.CheckOsiris
  • cnveth.CNVETH
  • cnveth.CNVRecognizer
  • de.hu.berlin.wbi.objects.DatabaseConnection
  • de.hu.berlin.wbi.objects.dbSNP
    • de.hu.berlin.wbi.objects.dbSNPNormalized (implements java.lang.Comparable<T>)
  • seth.dbSNPRecognizer
  • org.xml.sax.helpers.DefaultHandler (implements org.xml.sax.ContentHandler, org.xml.sax.DTDHandler, org.xml.sax.EntityResolver, org.xml.sax.ErrorHandler)
    • de.hu.berlin.wbi.stuff.xml.ParseXMLToFile
  • seth.seth.eval.Entity
  • de.hu.berlin.wbi.objects.EntityOffset
  • de.hu.berlin.wbi.process.Evaluate
  • seth.seth.eval.EvaluateNER
  • de.hu.berlin.wbi.process.EvaluateNoGeneNER
  • de.hu.berlin.wbi.process.osiris.EvaluateOsiris
  • seth.seth.eval.EvaluateVerspoor
  • seth.seth.eval.EvaluateWei
  • de.hu.berlin.wbi.objects.Gene
  • de.hu.berlin.wbi.objects.HGVS
  • de.hu.berlin.wbi.process.MinimalExample
  • de.hu.berlin.wbi.process.osiris.ModifyOsiris
  • edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation.Mutation
    • edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation.PointMutation
  • edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation.MutationExtractor
    • edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation.MutationFinder
  • de.hu.berlin.wbi.objects.MutationMention
    • de.hu.berlin.wbi.objects.MutationValidation
  • edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation.MyPattern
  • de.hu.berlin.wbi.process.Normalize
  • de.hu.berlin.wbi.process.NormalizeDB
  • seth.OldNomenclature
  • seth.seth.eval.Performance
  • de.hu.berlin.wbi.stuff.xml.PSM
  • cnveth.RegionMention
  • cnveth.RegionRecognizer
  • seth.SETH
  • seth.ner.wrapper.SETHNER
  • seth.ner.wrapper.SETHNERApp
  • seth.ner.wrapper.SETHNERAppMut
  • de.hu.berlin.wbi.stuff.xml.SNP
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • edu.uchsc.ccp.nlp.ei.mutation.MutationException
  • de.hu.berlin.wbi.objects.Transcript
    • de.hu.berlin.wbi.objects.TranscriptNormalized (implements java.lang.Comparable<T>)
  • de.hu.berlin.wbi.objects.UniprotFeature

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • de.hu.berlin.wbi.objects.MatchOptions
    • de.hu.berlin.wbi.objects.MutationMention.Tool
    • seth.ner.wrapper.Type